JPhyloIO subversion repository

sventon subversion web client - http://www.sventon.org
[show recent changes]
 
  Help
Rev: HEAD (1624) - https://secure.bioinfweb.info/Code/svn/JPhyloIO / trunk / test / src / info / bioinfweb / jphyloio / formats / pde / PDEFactoryTest.java
Show File - PDEFactoryTest.java  [show properties]
spinner
/*
 * JPhyloIO - Event based parsing and stream writing of multiple sequence alignment and tree formats. 
 * Copyright (C) 2015-2018  Ben Stöver, Sarah Wiechers
 * <http://bioinfweb.info/JPhyloIO>
 * 
 * This file is free software: you can redistribute it and/or modify
 * it under the terms of the GNU Lesser General Public License as published by
 * the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
 * (at your option) any later version.
10   * 
11   * This file is distributed in the hope that it will be useful,
12   * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13   * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
14   * GNU Lesser General Public License for more details.
15   * 
16   * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public License
17   * along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18   */
19  package info.bioinfweb.jphyloio.formats.pde;
20 
21 
22  import info.bioinfweb.jphyloio.ReadWriteParameterMap;
23 
24  import java.io.FileReader;
25  import java.io.IOException;
26  import java.io.Reader;
27 
28  import org.junit.* ;
29 
30  import static org.junit.Assert.* ;
31 
32 
33 
34  public class PDEFactoryTest {
35      @Test
36      public void test_checkFormat() throws IOException {
37          Reader reader = new FileReader("data/PDE/SimpleDNASeq.pde");  // Unzipped file.
38          try {
39              assertTrue(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
40          }
41          finally {
42              reader.close();
43          }
44      }
45      
46      
47      @Test
48      public void test_checkFormat_MEGA() throws IOException {
49          Reader reader = new FileReader("data/MEGA/MatchToken.meg");
50          try {
51              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
52          }
53          finally {
54              reader.close();
55          }
56      }
57      
58      
59      @Test
60      public void test_checkFormat_Nexus() throws IOException {
61          Reader reader = new FileReader("data/Nexus/Matrix.nex");
62          try {
63              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
64          }
65          finally {
66              reader.close();
67          }
68      }
69      
70      
71      @Test
72      public void test_checkFormat_Phylip() throws IOException {
73          Reader reader = new FileReader("data/Phylip/Interleaved.phy");
74          try {
75              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
76          }
77          finally {
78              reader.close();
79          }
80      }
81      
82      
83      @Test
84      public void test_checkFormat_Newick() throws IOException {
85          Reader reader = new FileReader("data/Newick/Metadata.nwk");
86          try {
87              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
88          }
89          finally {
90              reader.close();
91          }
92      }
93      
94      
95      @Test
96      public void test_checkFormat_XTG() throws IOException {
97          Reader reader = new FileReader("data/XTG/ExampleXTGDocument.xml");
98          try {
99              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
100          }
101          finally {
102              reader.close();
103          }
104      }
105      
106      
107      @Test
108      public void test_checkFormat_PhyloXML() throws IOException {
109          Reader reader = new FileReader("data/PhyloXML/VariousMetaEventsFromPhyloXMLTags.xml");
110          try {
111              assertFalse(new PDEFactory().checkFormat(reader, new ReadWriteParameterMap()));
112          }
113          finally {
114              reader.close();
115          }
116      }
117  }


feed icon

sventon 2.5.1

bioinfweb RSS feed JPhyloIO on ResearchGate bioinfweb on twitter JPhyloIO on GitHub

JPhyloIO poster ECCB 2016 Conference poster at ECCB Sep 2016

bioinfweb - Biology & Informatics Website